לא פעם קיים בלבול בין תמ"א 38, בעיקר במסלול הריסה ובנייה, לבין פרויקט פינוי בינוי - אך מדובר בשני מודלים שונים. הנה כמה הבדלים עיקריים:
- פרוצדורה מקדימה: פרויקט פינוי בינוי הוא פרויקט גדול ואיטי, הדורש הכרזה ממשלתית על מתחם מסוים כמתאים לתהליך. על המתחם מכריז משרד הבינוי והשיכון, ומטרת ההכרזה לקבוע כי המתחם ראוי לעבור את התהליך ולקבל את ההטבות הנלוות. את הליך ההכרזה יקדמו ברוב המקרים יזם או רשות מקומית המעוניינים בתהליך. תמ"א 38, לעומת זאת, אינה מחייבת הכרזה כזאת.
- הליך תכנוני: פינוי בינוי דורש אישור מהוועדה המקומית לתכנון ולבנייה וגם אישור מהוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה (למעט במקרים שבהם הוועדה המקומית מוגדרת "ועדה עצמאית מוסמכת"). לעומת זאת, תמ"א 38 דורשת רק אישור מהוועדה המקומית לתכנון ולבנייה והוצאת היתר בנייה.
- התנגדויות ושינויי מדיניות: בשל ההליך הביורוקרטי הארוך שדורשת תוכנית פינוי בינוי, יש אפשרויות מקיפות הרבה יותר להתנגדות לתוכנית זו מצד גורמים שונים (שכנים, רשויות מקומיות וכו') מהאפשרויות להתנגדות לתמ"א 38. במקביל, ההליך הארוך יותר במסגרת פינוי בינוי גם מעלה את הסיכון לשינויי מדיניות בתחום, העלולים להשפיע על הפרויקט.
- תמורה לבעלי הדירות: בתמ"א 38 הרחבת השטח אינה יכולה לעלות על 25 מ"ר ולעתים בשל אילוצי תכנון למשל, השטח שמתווסף לדירה עשוי אף להיות קטן יותר. בפינוי בינוי התמורה אינה מוגבלת - והיקפה תלוי בעיקר בהיתכנות הכלכלית של המיזם ליזם או לקבלן, למשא ומתן שינהלו עם בעלי הדירות כמו גם למדיניות התכנונית של הרשות המקומית שבתחומה מקודם הפרויקט. חשוב בנקודה זו להדגיש כי חלק מהרשויות המקומיות בחרו להתחיל ולהגביל את התמורה לבעלי הדירות גם בפינוי בינוי. לעיתים מדובר בתמורה קטנה משמעותית משהיה נהוג בעבר - בשטח 12 מ"ר בלבד. יש לבחון את הנושא במינהל ההנדסה ברשות המקומית או מול המינהלת להתחדשות עירונית.